Gepasi


 本研究室では,1992年以来植物の光合成代謝経路のモデル化を行ってきました。このモデル化には,プログラム言語である「フォートラン」やC++などを用いなければなりません。生命科学を勉強してきた学生にとってプログラム言語は非常に取り組み難く,私の研究室では大きな問題となっていました。そこで皆が簡単に使えるプログラムをと思いアプリケーションソフトであるGepasiの導入に踏み切ったのです。実際の仕事に,あるいはプログラムを自分で組む足がかりになればと思っています。

 生命科学と情報技術が融合し,バイオインフォマティックスという学問が生まれました。結果,私の研究室と同じ様な問題が生じているかと思います。今後このような問題の解決に取りくんでいけたらと思います。

Gepasi - computer simulation of biochemistry

  
(Reference)

Biochemistry by numbers: simulation of biochemical pathways with Gepasi 3.
Trends Biochem Sci. 1997 Sep;22(9):361-3. No abstract available.
PMID: 9301339 [PubMed - indexed for MEDLINE]


 ヘルプファイル(日本語版)のダウンロード


 Gepasiは速度シミュレーションソフトです。生化学・酵素反応速度論を勉強した人なら誰でも手軽に扱うことができます。また,フィッティングやオプティマイゼーション,マルチコンパートモデルなど多彩な機能(アルゴリズム)を備えています。このソフトによって代謝工学,薬物代謝シミュレーションなどへの応用が可能です。 このソフトのヘルプファイル(日本語版)を作成いたしましたのでGepasi を上手に利用するための一助として下さい。

 注:ヘルプファイルは、EXEファイルと同じフォルダに入れてお使いください。その際にもとの英語版のヘルプファイルを外に出すようにしてください。英語版と日本語版は、共に同じファイル名がついているので注意してください。

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