NCBI　BLASTのバイナリが現在当研究室で外部に公開しているサーバーの３２ビットSolaris用には公開されていません。そのために、学内用サーバーであるLinuxマシンで作動させています。使用できるデーターベースもそんなに頻度高く修正していませんから、研究用には適していませんが、教育と自分たちの研究に便利なlocal データーベースのために使っています。
　　現在、wwwblastのバイナリは、私の周りで使えるマシンとしては64bit Solaris, linux, Mac OSX,のものが配布されています。残念ながらwindowsマシン用はありません。
　　コマンドラインでの使用は、上記マシンいがいでもマイクロソフトのCコンパイラがあれば、ソースが公開されているので、windowsマシンでも可能です。


東京大学　植物機能ゲノム学研究室　佐藤　直樹　先生のホームページは情報が多く、バイオインフォマティクスとしては、参考にさせてもらうことが多い。
http:/www.molbiol.saitam-u.ac.jp/%7Enaoki/PNE/
から、解説書をダウンロードされるとNCBI BLASTを動かすのに必要な情報が得られる。